Bu bölümde X-Men topluluğu ilk olarak bir seçimle karşı karşıya kalmaktadır. Bulunan yeni tedavi yöntemi ile mutantlar normal insanlar gibi yaşayabilme olanağına sahip olacaklardır. Mutantların liderleri Charles Xavier ve Magneto arasında, mutantları insanlardan ayıran inanılmaz özelliklerinden kurtulup kurtulmamaları arasında bir görüş çatışması olmuştur. Bu ise son bir savaşın temellerini atmıştır. Bu savaş şimdiye kadarki en büyük savaş olmasının yanında son olacaktır.

With the help of their new recruits, The Beast and Angel, the X-Men must face evolution itself in the form of their former teammate, Jean Grey. Possessed with the cosmic power of the Dark Phoenix, the resurrected Jean Grey has become a danger to herself, her mutant comrades, and the entire planet. A potential cure is discovered and processed to treat and ultimately eliminate the genetic mutations, once and for all. As the battle lines are drawn, the X-Men must contend with both Jean Grey's world-consuming powers, as well as the malevolent Brotherhood.