Edward, a veteran filmmaker of Armenian descent, is in Toronto shooting a film about the Siege of Van, which lead to the genocide of over a million Armenian people at the hands of Turkish troops. Raffi has been sent to Turkey to shoot background footage for the film. Raffi's mother Ani, an author and historian, is also involved in the project as a consultant. As Raffi attempts to re-enter Canada with cans of exposed film, he's detained by David, a suspicious customs official who has his own tenuous link to the film.

Ararat 1915 ve 1923 yılları arasında, Birinci Dünya Savaşı ve sonrasında, Ermenilerin pek hoşnut olmadıkları, Türklerin de üzerinde durulmasından öfke duydukları bir dönemi konu alıyor. Ermeni asıllı Kanadalı sinemacı Atom Egoyan, kariyerindeki bunca yılın sonunda, nihayet bu tartışmalı dönemdeki olayları beyazperdeye taşımaya soyunmuş. Tarihin bu diliminde Osmanlı İmparatorluğu'nun 1.5 milyon Ermeninin ölümünden sorumlu olduğu iddiası yıllardır Ermeniler tarafından propaganda malzemesi olarak kullanılıyor. Osmanlı İmparatorluğu'nun ardından kurulan modern Türkiye Cumhuriyeti ise, bu dönemde sadece bir zorunlu göç hareketi olduğu tezini savunuyor. Filmin kendisi, tarihteki mevzubahis dönemi anlatan bir filmde çalışan genç bir şoförün (David Alpay) gözünden anlatılıyor. Çekimler sırasındaki çalışmaları, genç adamın kendini kendisini keşfetmesine yolaçıyor. Senarist-yönetmen Egoyan, verdiği röportajlarda, Ararat'ta Türk düşmanlığı bulunmadığını, filmin olabildiğince objektif olduğunu iddia ediyor ve dikkatle izlenmesi gerektiğini savunuyor. Oysa hem Ermeniler hem de Türkler filmden mutsuz görünüyor. Her iki taraf da kendi tezlerine haksızlık yapıldığı iddiasında.