Amiral Kirk ve ekibi amansız düşman Khan'ı sonunda yoketmeyi başarmıştır ama bu uğurda Mr Spock hayatını feda etmiş ve Doktor McCoy çaresiz bir hastalığa yakalanmıştır. Yıldızgemisi Atılgan, Spock'ın cesedini almak üzere son bir kez Genesis gezegenine doğru yola çıkar. Ancak gözüpek mürettebatı bu kez hiç ummadıkları bir mücadele beklemektedir.

Sarek, Spock's father, informs Captain Kirk that McCoy is harboring Spock's living essence. With that knowledge, Kirk steals the Enterprise and defies Starfleet's Genesis planet quarantine to help his friends.