Somewhere in the wilds of northwest Canada in the early 1800s, Logan and Victor, two half-brothers with special powers grow up amid violence. Eventually they will become the near-indestructible warriors known as Wolverine and Sabretooth. William Stryker is a sinister government operative whose Weapon X program experiments keep pulling Wolverine back in. Kayla Silverfox shares a peaceful Canadian co-existence with Wolverine as he tries to drop out of the program. Along the way, Wolverine encounters many mutants, both familiar and new.

James Logan (Wolverine) ve Victor Creed (Sabretooth), çocukken Logan'ın babalarını öldürmesi sonucu kaçarlar. William Stryker adında bir adam tarafından bulunan ve mutantlardan oluşan özel bir gruba katılmaları için eğitilen ikilinin yolları, Logan'ın örgütü bırakıp Kanada'ya gitmesiyle ayrılır. Yıllar sonra Stryker çıkageldiğinde, Logan'dan "Weapon X" isimli yeni projesine katılmasını ister. Teklifi reddeden Logan, Sabretooth'un kız arkadaşı Silver Fox'u öldürmesi nedeniyle projeye katılmayı kabul eder. Vücuduna enjekte edilen Adamantium metaliyle artık yenilmez olan Wolverine, Sabretooth'tan intikamını alabilecektir. X-Men serisinin "spin-off"u X-Men Origins: Wolverine, bizi Logan'ın Wolverine'e dönüştüğü ilk yıllara götürüyor.