Ender İmrek, 12 Eylül askeri darbesinden sonra tekrar gözaltına alındı. Aylarca süren polis sorgusundan sonra tutuklandı. Üç yılı aşkın süre cezaevinde kaldı. Yargılandığı davalardan beraat etti. Seksenli yılların ortalarında yeniden politik ve örgütsel çalışmalar içinde yer aldı. Siyasi parti kuruculuğu ve yöneticiliği de yapmış olan İmrek’e, politik çalışmaları, yazıları ve konuşmaları nedeniyle davalar açıldı, cezalar verildi. Kürt sorununun demokratik çözümü kapsamlı yazılarından dolayı, bir etkinlikte “Dersim” dediği için yargılandı. İşçi çalışmasında, sınıfın ve emekçilerin örgütlenmesi mücadelesinde, Ünaldı dokuma işçileri direnişinin örgütlenmesinde yer aldı. Gezi direnişini yönetmiş olmak iddiasıyla hakkında açılan davada yaptığı savunmada; “Böylesi bir halk direnişini yönetmekten gurur duyardım. Ama bu, kimsenin özel telkini olmadan kendi iradeleriyle alanlara çıkan milyonlara, baskıya ve şiddete boyun eğmeyen, direnirken hayatını kaybeden, yaralanan, sakat kalanlara saygısızlık olur…” diyerek direnişi savundu. Arkadaşlarıyla birlikte beraat etti. Gazetemizin köşe yazarı olan İmrek “Yolsuzluk, Hırsızlık, Rüşvet Gizlenebilir mi?” başlıklı yazısından dolayı Cumhurbaşkanı Erdoğan’ın hakaret iddiasıyla açtığı davadan da beraat etti.