The Terminator is back with another mission requiring that he travel back in time. A lethal machine (Patrick) has been sent back through time to kill a boy destined to lead the freedom fighters of the future (Furlong). The Terminator (Schwarzenegger) is sent to save the boy, assisted by the boy's mother (Hamilton), a woman whose warnings of a world headed toward nuclear disaster go unheeded.

Sarah Connor'ın (Linda Hamilton) Skynet tarafından gelecekten gönderilen Terminatör'ün elinden kurtulmasından on yıl kadar sonra bu kez T-1000 (Robert Patrick) modeli yeni bir Terminatör, insan direnişçilerinin gelecekteki lideri ve Sarah'ın oğlu John'u hedef alır. Ölümcül T-1000, kendisini istediği şekle sokabilmesiyle yok edilmesi neredeyse imkansız bir düşmandır. İnsanlığın geri kalanını yok etmekle görevlendirilen Terminatörlerin varlığından haberdar tek insan olan Sarah ise bir akıl hastanesine kapatılmıştır. Direnişçiler geçmişe T-800 modeli (Arnold Schwarzenegger) bir Terminatör göndermeyi başarırlar. T-800'ün görevi Sarah'ı akıl hastanesinden kaçırmak ve John'u T-1000'den korumaktır. Özgürlüğüne kavuşan ve yanına T-800 ve John'u da alan Sarah'ın tek amacı, gelecekte dünyayı kontrolü altına alacak bir yapay zeka sistemini geliştirecek olan Cyberdyne firmasının en önemli bilimadamlarından Miles Dyson'ı, gelecekteki felaketleri önlemek için keşiflerini yok etmeye ikna etmektir.