1964, St. Nicholas in the Bronx. Father Flynn is a charismatic priest who is trying to upend the schools' strict customs, which have long been fiercely guarded by Sister Aloysius Beauvier. The Sister is the iron-gloved principal who believes in the power of fear and discipline. With the winds of political change, the school has just accepted its first black student, Donald Miller. But when Sister James shares with Sister Aloysius her suspicion that Father Flynn is paying too much personal attention to Donald, Sister Aloysius sets off on a personal crusade to unearth the truth and to expunge Flynn from the school. Now, without any proof, besides her moral certainty, Sister Aloysius locks into a battle of wills with Father Flynn. This threatens to tear apart the community with its irrevocable consequence.

1964 yılındayız. Bronx'taki St. Nicholas kilisesi{u2026} Karizmatik Rahip Flynn (Philip Seymour Hoffman), korkunun ve disiplinin gücüne yürekten inanan Rahibe Aloysius Beauvier'in (Meryl Streep) ateşli bir şekilde savunduğu katı gelenekleri yıkmak için çaba göstermektedir. Ülkenin politik iklimindeki değişim rüzgarlarının kilise camiasını da etki altına almasıyla okula ilk kez Donald Miller adlı siyah bir öğrenci kabul edilmiştir. Geleceğe umutla bakan genç ve masum rahibe James (Amy Adams), Peder Flynn ile ilgili bir şüphesini Rahibe Aloysius ile paylaşarak Peder Flynn'ın Donald'a karşı aşırı bir yakınlık gösterdiğini anlatır. Bu iddia ve suçlama üzerine harekete geçen Rahibe Aloysius, gerçeği ortaya çıkartmak ve Peder Flynn'ı okuldan attırmak için büyük bir mücadele başlatır. Rahibe Aloysius artık Peder Flynn'a karşı müthiş bir irade savaşına kilitlenmiştir. Bu mücadelenin hem kilise hem de okul üzerinde yıkıcı sonuçlar getirmesi tehlikesi vardır.