New York City is being threatened by a villainous bug who has inhabited the body of a farmer. The mission is to locate and exterminate the bug before it destroys the planet.

Ajan K, son görevinden sonra Man in Black'i bırakıp sivil hayatına geri dönmüştür. Artık o günlere dair hiçbir şeyi anımsamayan ajan yine de mesleğinin en yetkin ajanlarından biridir. Ajan J ise görevine halen devam etmekte, son zamanlarda ise olağan bir dosya üzerinde çalışmaktadır. İnceleme devam ettikçe ortaya çıkan bulgular bu sıradan görünen davanın altında yatan sırların bir hayli tehlikeli olduğu yönündedir. Ajan J, bu davayı çözebilmek için Ajan K'yi geri döndürmek için ikna etmeye çalışacaktır.