Neo, Trinity, and Morpheus continue to lead the revolt against the Machine Army. In their quest to save the human race from extinction, they gain greater insight into the construction of The Matrix and Neo's pivotal role in the fate of mankind.

Neo kendisini ajanların ve makinelerin ellerinden kurtarmayı başarmıştır. Ancak makineler insanların elde kalan son şehri olan Zion'u bulma konusunda önemli aşamalar kat etmişlerdir. Neo'nun görevi artık sadece kendisini değil, kurtulmuş insanlığı da bir daha kurtarmak olacaktır. Zion direnmek zorundadır. Seçilmiş kişi olan Neo ise Anahtarcı'yı bulup hem kendi kimliğiyle hem de insanlığın geçmişiyle ilgili yeni sırları aralayıp, ne kadar önemli bir misyona sahip olduğunu yeniden anlayacaktır.